如果大部門不能順利渡過磨合期，不能及時協(xié)調矛盾沖突，大部門就有重新分開或曰解體的可能
隨著大部制改革的深化，過去的小部委變成了“超級大部門”的內(nèi)設機構，使得“超級大部門”的內(nèi)部組織結構及它們之間的關系更加復雜，對內(nèi)設機構的運行以及政府職能的實現(xiàn)帶來了巨大的挑戰(zhàn)。
超級大部以后，并非已是萬事大吉
大部制改革實際上是通過部門合并，使部門間利益和權能沖突與協(xié)調變?yōu)椴块T內(nèi)部利益和權能沖突與協(xié)調，也就是化部際協(xié)調為部內(nèi)協(xié)調的一種方法。隨著部門間利益和權能沖突的減少和部門內(nèi)部利益和權能沖突的增多，大部制改革使得部內(nèi)協(xié)調的難度加大。
超級大部的成立在某種程度上是為了把大量的協(xié)調工作轉到部門內(nèi)部進行，以減輕部門之間管理和調配人、財、物的利益和權能的負擔，使有限的人、財、物發(fā)揮更大的功能和作用，從而提高行政效能。但是，實際上，由于超級大部的內(nèi)設機構的利益和權能調整常常無法到位，內(nèi)部管理幅度（部委領導機構與各司局之間、各個司局與處室之間直接管理的機構數(shù)量）卻在增加，這些內(nèi)設機構之間的協(xié)調常常變得負擔更重，真正的部門一體化和職能整合往往無法實現(xiàn)。
因為，一項決策落實到超級大部以后，并非已是萬事大吉，還需由超級大部的內(nèi)設機構也就是部委內(nèi)各司局甚至處室去具體執(zhí)行。只有把一項決策落實到了各部委的司局及其處室，部內(nèi)行政才算基本到位（部外行政是將部委決策落實到社會組織和公民個人）。在這種情況下，主要承擔協(xié)調任務的辦公廳等會超負荷運轉，主要表現(xiàn)為公文積壓、機構臃腫和效率低下等。
與此同時，超級大部作為一種多個機構合并后產(chǎn)生的新的組織形式，部內(nèi)各內(nèi)設機構需要一個磨合期，才能較好地建立起彼此之間的協(xié)作關系。在這個磨合期里，一個部門內(nèi)設機構也就是司局之間或者處室之間的矛盾沖突，可能絲毫不亞于原先不同部門之間的矛盾沖突。如果大部門不能順利渡過磨合期，不能及時協(xié)調矛盾沖突，大部門就有重新分開或曰解體的可能。
英國在上世紀七十年代進行了大部制改革，成立了一些“特大部門”，但是由于內(nèi)部協(xié)調的困難，這些“特大部門”實際上有很多都沒有形成真正的內(nèi)聚力。例如，上世紀七十年代中期成立的環(huán)境事務部就是由許多部委湊在一起組成的一個龐然大物，但不是一個有機結合的統(tǒng)一體，運行幾年后因內(nèi)部利益和權能沖突無法得到很好的協(xié)調和解決，很快又分開回到了上世紀六十年代的樣子。
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